Esmeralda de Troitiño, miembro de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) y del Mecanismo de Seguimiento del caso Ayotzinapa, así como exintegrante del Poder Judicial de Panamá, al conocer la resolución del tribunal colegiado señaló: “Lo valioso hoy del Estado mexicano es que su sistema judicial alcanza una sentencia que yo, como exmiembro de la justicia de mi país, reconozco como trascendente”.
Sin embargo, la sentencia fue impugnada por todos los actores que jurídicamente estaban facultados para hacerlo –la PGR, la Consejería Jurídica de la Presidencia de la República, la CNDH y la Cámara de Diputados–, por considerar que viola la Constitución, según la cual la única instancia que puede investigar los delitos es el Ministerio Público 
Más allá de las cuestiones de interpretación de la constitucionalidad de la sentencia, la interposición del recurso por parte de tres de los cuatro actores puede explicarse porque están directamente implicados en ella: PGR y Presidencia, porque en la misma sentencia se desvirtúa la investigación que condujo a la llamada “verdad histórica”, y la CNDH, porque la incorpora a la comisión y ensancha sus facultades. No es el caso de los legisladores, cuya única motivación puede ser la estrictamente jurídica.
El tribunal sustenta su instrucción de incorporar a representantes de  los familiares de las víctimas y de la CNDH en la falta de independencia de las autoridades ­encargadas de procurar justicia, ya que omitieron explorar diversas líneas de investigación plausibles y recurrieron a la tortura para obligar a varios de los acusados a autoincriminarse; también tiene reservas sobre los cuerpos encargados de la seguridad en los tres órdenes de gobierno, pues hay indicios de responsabilidades directas de policías municipales, estatales y federales, así como del Ejército y la Marina.
En estas condiciones, el tribunal colegiado optó por crear esta comisión de la verdad y recurrir a peritos independientes nacionales y extranjeros, los cuales, estableció puntualmente, tendrán “libre e inmediato acceso a todo centro de detención y a cada una de sus dependencias, así como a todo lugar que estimen pertinente, en especial donde haya motivos para creer que están, estuvieron o se pueden encontrar los estudiantes desaparecidos, o vestigios que aporten información sobre su paradero, incluso lugares sujetos a la jurisdicción militar o castrense”.
Puesto que es una instancia del Poder Judicial la que ordena el establecimiento de esta comisión (en la que sí participa el Ministerio Público Federal pero en la que tendrán un espacio privilegiado un órgano del Estado Mexicano ajeno a la PGR, como es la CNDH, y representantes de los familiares de las víctimas, ciudadanos mexicanos pero ajenos totalmente a cualquier entidad pública), las pesquisas que ésta realice formarán parte de la averiguación previa que permita hacer la consignación ante las autoridades judiciales. En los hechos respeta el monopolio del ejercicio de la acción penal para el Ministerio Público, pero para la integración del expediente tiene que acatar las instrucciones de los miembros externos de la comisión e incorporar los peritajes de expertos independientes, con lo cual la carpeta que se consigne ante el Poder Judicial será el producto de este cuerpo colegiado mixto (miembros del MP y ajenos).
Por consiguiente, los alcances de esta Comisión de Investigación para la Verdad y la Justicia son mucho mayores que los de una Comisión de la Verdad creada ­desde el Poder Ejecutivo; las de este último género tienen facultades de investigación más limitadas y su informe no se integra al expediente que se consigna ante al Poder Judicial, es decir, su impacto se da mayormente sobre la opinión pública (nacional e internacional) y contribuye a esclarecer la verdad, aunque no necesariamente tiene efectos jurídicos para lograr la justicia.
Situación totalmente distinta es la de la comisión ordenada por el tribunal colegiado, pues su objetivo es precisamente la reposición del procedimiento de integración del expediente que se consignará ante al Poder Judicial, con lo cual sí tiene efectos jurídicos. Su función no es elaborar un informe, sino integrar una averiguación previa, y su producto no es un informe que se presenta ante la opinión pública, sino un expediente.
En estas circunstancias el pleno de la Corte tiene en sus manos la ratificación o revocación de una sentencia que ciertamente transformaría la procuración de justicia en México, pues en la práctica terminaría con el monopolio del MP para ejercer la acción penal. En los hechos la ratificación de la sentencia, aunque pueda hacerlo con algunos matices o ajustes de forma, podría tener un impacto mayor sobre la procuración de la justicia en México que la propia creación de la Fiscalía General de la República.
En julio último, un mes después de emitida la sentencia, el Tercer Tribunal Unitario, también con sede en Reynosa, les dio la razón a los quejosos y consideró que la sentencia es jurídicamente imposible de cumplir, como sostiene la PGR; pero en septiembre el mismo tribunal colegiado que emitió la sentencia ratificó que sí hay fundamento constitucional para crear la comisión, aunque consideró que la inejecución de la misma era excusable por la resolución del tribunal unitario.
Eventualmente una resolución favorable a la sentencia del tribunal colegiado por parte de la Corte también implicaría la destitución y consignación de los funcionarios directamente implicados en el desacato; pero esa sería una cuestión incidental, toda vez que el impacto trascendente sería abrir la puerta a terceros –ajenos al Ministerio Público– a la procuración de la justicia. 
Dado el compromiso que el presidente electo hizo con los familiares de los desaparecidos en días pasados, es un hecho que en este caso habrá Comisión de la Verdad, pero sus alcances e impactos dependen de la decisión de la Corte; su resolución puede transformar radicalmente la procuración de justicia en México o mantener el statu quo.
Este análisis se publicó el 14 de octubre de 2018 en la edición 2189 de la revista Proceso.